Usługa Microaudit zapewnia pełne bezpieczeństwo przechowywanych danych, które realizowane jest poprzez bezpieczną komunikację SSL oraz pełen monitoring dostępu. Ponadto dzięki podwójnej autoryzacji procesów samego systemu i stałemu monitorowaniu serwerów zachowujemy pełną kontrolę nad  przetwarzanymi informacjami. Architektura systemu  daje możliwości wdrożenia chmury prywatnej, jeśli tylko wystąpi takie zapotrzebowanie.